يرمز شعار مؤسسة الإمام الخوئي الخيرية الى اجتماع رموز الخير المرتبطة بالرسالة المحمدية وولاية آل البيت الكرام. فجمال الشمس المذهبة يجتمع مع البياض الذي هو رمز منقبة الصفاء التي هي عنوان لكل عطاء. وتتمثل هذه الرموز في محراب الصلاة الذي يأخذ شكل القرآن المعظم ليكون دستورا  في درب الحياة.

الشمس وخيوط أناملها الوهاجة كسنابل البر تعطي أكلها كل حين... واتساع الفضاء فوقها طريقٌ للعطاء دون حدود... هو الرمز الذي يقيد إطار شعار المؤسسة وكأنها يدٌ امتدت  بأنوار إثني عشر إماما يشكلون إكليلها المدور حولها وحول الخافقين ليكونوا سبل النجاة بقول الرسول الاكرم: (إني تارك فيكم الثقلين كتاب الله وعترتي أهل بيتي ما إن تمسكتم بهما لن تضلوا بعدي أبدا)